Die Exzellenzinitiative wird von einer großen Mehrheit der Hochschulen als wirksam für das Hochschulsystem insgesamt erachtet, obwohl nur wenige Hochschulen von dieser Förderquelle direkt profitieren. Allerdings fordern die Hochschulen mehrheitlich einen breiteren Exzellenzbegriff. Insbesondere dem Thema Wissenstransfer und regionale Kooperation mit Wirtschaft und Gesellschaft messen sie eine hohe Bedeutung bei. Der Auftrag an die Politik lautet also, Spitzenforschung zu fördern und gleichzeitig die Rolle von Hochschulen als Kern von lokalen Innovationszentren zu stärken.