Die Beantragung von Fördermitteln ist mit Verwaltungsaufwand und entsprechenden Kosten und Unsicherheiten für die Hochschulen verbunden. Rund die Hälfte aller befragten Hochschulleiter findet deshalb den Vorschlag sinnvoll, forschungsstarken Hochschulen mehr regelmäßige Zuschüsse ohne Antragsverfahren zu gewähren. Nur ein Drittel lehnt die Idee ab. Sowohl bei den in der Exzellenzinitiative geförderten als auch bei den nicht geförderten Universitäten ist die Zustimmung ähnlich hoch (60 bzw. 56 Prozent). Fachhochschulen, deren Profile meist weniger forschungsorientiert sind, stimmen etwas seltener zu (46 Prozent). Ein solches Modell wurde als Exzellenzprämie auch von der Kommission zur Evaluation der Exzellenzinitiative vorgeschlagen, jedoch nicht umgesetzt.