Die neue Exzellenzinitiative wird Fördermittel für ausgewählte forschungsstarke Universitäten und exzellente Forschungscluster vergeben. Die Hochschulen selbst hätten für diese beiden Bereiche nur gut die Hälfte der Fördermittel verwendet. Als ebenso förderwürdig im Rahmen der Exzellenzinitiative sehen sie die Themen regionaler Wissens- und Technologietransfer sowie Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Unterschiede gibt es dabei nach Hochschulgruppen. Fachhochschulen sprechen sich dafür aus, den größten Anteil der Förderung für Transferaktivitäten auszugeben. Bei den bisher geförderten Universitäten sind es immerhin noch 27,4 Prozent.